Em 9 de janeiro de 1997, chegou a autonomia política administrativa, através da Lei nº 6.985, sancionada pelo então Governador do Estado, Dr. Garibaldi Alves Filho, quando Jundiá tornou-se município, desmembrado do de Várzea, localizado na Mesorregião Agreste Potiguar e microrregião do mesmo nome, com uma área territorial de 45,26 quilômetros quadrados, equivalente a 0,09 por centro sobre o território estadual,que foi instalado no dia 1º de janeiro de 2001, com a posse do primeiro prefeito Manuel Luiz do Nascimento, eleito em 1º de outubro de 2000, governando até 1º de janeiro de 2005, quando passou para Tiago Saturnino de Freitas, eleito em 3 de outubro de 2004, derrotando o primeiro administrador que não foi reeleito
